Кыргыз айыл чарба, илим жана экология журналисттеринин ассоциациясын башкаруу төмөнкү үч органга таандык:

• Жалпы жыйын – КАИЭЖАнын жогорку башкаруу органы.
• Башкармалык – КАИЭЖАнын мүчөлөрүнүн жалпы жыйындары ортосунда башкарууну жүргүзгөн көзөмөл органы.
• Аткаруу комитети – КАИЭЖАнын учурдагы ишмердүүлүгүн жүргүзгөн аткаруу органы, анын курамы:
  – Президент
  – Вице-президент
  – Башкы катчы
  – Казыначы